ＤＮＡの分析によって、近年、生物の分類に対する知見は大きく変化して来ている。 ここに示す図は、黒岩常祥 著 「ミトコンドリアはどこからきたか 生命４０億年を遡る」（ＮＨＫBooks 887）に描かれているものを多少簡略にしたものである。
従来は、原核生物（モネラ）界、原生生物界、菌界、植物界、動物界に分ける、いわる５界説が広く認められていたが、最近は、DNAの研究から 古細菌ドメイン、真正細菌ドメイン、真核生物ドメインの３ドメインに分けている。５界のうち原核生物を残した４界は全て真核生物ドメインに含まれることになリ、以前の研究では分類がされないまますべて原核生物界に入れられていたシアノバクテリアやメタン細菌がそれぞれ、真正細菌と古細菌に分けられて行った。
真正細菌の中のシアノバクテリア（ラン藻類）は後に真核生物に取り込まれ葉緑体となり、αプロテオ細菌はやはり真核生物に取り込まれてミトコンドリアになった。ミトコンドリアは真核生物細胞に普遍的に含まれ、葉緑体は植物に一般的に含まれている。
DNAの研究から、３ドメインの分岐近くに位置付けられる原核生物種である、硫黄代謝細菌、好熱細菌、メタン生成古細菌（以上、古細菌）や酸化水素細菌（真正細菌）などは、好熱性、好酸性、高濃度の硫黄の嫌気的環境に生息しており、生命がこのような環境に誕生したことを強く示唆している。真正細菌の内もっとも分岐に近いとされるのは、アメリカ合衆国イエローストーンの９０℃の熱水中に生息する細菌である。